Лето подходило к концу, и каждый из Симпсонов торопился выполнить свои планы. Когда все остальные завершили дела, Лиза возмутилась, что её просьба осталась невыполненной, и семья отправилась в музей. У входа в зал оружия выстроилась огромная очередь. Первым стоял Нед Фландерс, но Гомер оттолкнул его, а затем и остальные горожане поступили так же. Фландерс оказался в самом конце, и выставка закрылась до того, как он успел войти. Род и Тодд расстроились, но служитель предложил им осмотреть остальную часть музея. Они зашли в зал «Человек», где увидели реконструкции древних предков и археологические раскопки, подтверждающие эволюцию. Экспонат с библейской версией сотворения мира был подписан как «миф», а его сопровождение высмеивало верующих. Это дезориентировало детей и возмутило Неда. Он поднял вопрос на церковном собрании. Преподобный Лавджой посоветовал не принимать близко к сердцу, но его жена Хелен предложила использовать спор для повышения популярности церкви. Лавджой согласился.
Фландерс с Лавджоем пришли в начальную школу и шантажом убедили директора Скиннера преподавать креационизм наравне с эволюцией. Лиза возмутилась и на городском собрании убедила горожан вернуться к единственной правильной теории. В результате в школе стали изучать только креационизм. Лиза тайно собирала умных учеников и читала им «Происхождение видов» Дарвина, но шеф Виггам арестовал её за преподавание «не библейской науки». Началось дело «Лиза Симпсон против Бога». Интересы религии защищал южанин Уоллас Бреди, а на стороне Лизы выступала адвокат из Нью-Йорка. Процесс шёл плохо: свидетель профессор Фринк не понравился суду, а свидетель Брэди с учёной степенью по «правдологии» привёл тезис о «недостающем звене» и убедил присяжных.
Лиза переживала. Мардж взялась прочитать «Происхождение видов», убедилась в правдоподобности эволюции и решила помочь дочери. В зал суда она принесла плотно закрытую бутылку пива «Дафф» и дала её Гомеру. Нед Фландерс, который под присягой отрицал родство человека с приматами, увидев попытки Гомера открыть бутылку, обозвал его обезьяной. Он заметил сходство Гомера с промежуточной формой на схеме происхождения человека и признал поражение. Суд отменил закон, запрещающий преподавание эволюции. После процесса Лиза подошла к Неду и сказала, что уважает его религиозные убеждения, но не считает правильным, чтобы церковь доминировала в школе так же, как учёные не должны захватывать власть. Нед согласился и предложил сводить Лизу и его сыновей за мороженым.
